Celera Genomics, unha subdivisión da multinacional da biotecnoloxía Perkin Elmer, rematou de secuencia-lo ADN de Drosophila melanogaster, a mosca da froita. Drosophila melanogaster ten mil oitocentos pares de bases que forman, aproximadamente, entre os 12000 e os 20000 xenes. A mosca da froita é o animal máis estudiado e coñecido xeneticamente, dende que Thomas H. Morgan empezara a traballar con Drosophila en 1908.
Celera Genomics é unha empresa de Craig Venter, un dos xenetistas máis empeñados no
proxecto Xenoma Humano. Non está participada por fondos públicos e agora quere centrar
tódolos seus esforzos e recursos na secuenciación do ADN humano. Dúas son as
características máis rechamantes desta nova. A primeira é a marca do tempo no que se
fixo a secuenciación: só catro meses. A segunda é que, contra o acostumado, aínda non
se publicaran os resultados en ningunha revista especializada, pero prometen facelo. Por
facer unha comparación, a secuenciación dos dous millóns de bases do ADN de Haemophilus
influenzae, un cocobacilo patóxeno, levou todo un ano. O éxito de Celera Genomics
parece ser o seu método de traballo e a nova tecnoloxía empregada.
O seguinte paso co datos de Drosophila melanogaster vai a ser o ensamblaxe
informático das bases, para formar cada un dos xenes da mosca. Craig Venter ve o traballo
con Drosophila melanogaster como un desafío, unha proba para medi-la eficacia
dos métodos de traballo da súa empresa.
Segundo Celera Genomics, os datos da secuencia faranse públicos en outubro deste ano e a
súa publicación, en colaboración co Proxecto Xenoma de Drosophila de Berkeley, será a
principios do vindeiro ano 2000.
A compañía matriz Perkin Elmer Biosystems deseñou e fabricou un secuenciador, o ABI
PRISM 3700 ADN Sequencers, que foi o empregado para a secuenciación do ADN da mosca. A
máquina é totalmente automática e pode secuenciar entre 1000 e 3000 xenes ó día. O
método de secuenciación seguido recibe o nome de escopeta "shotgun" e ten
lugar en varias fases. Na primeria fanse pequenas bibliotecas de ADN, que son esmiuzadas
en pequenos fragmentos. A segunda fase precisa o uso das máquinas secuenciadoras para
descifra-los fragmentos. A terceira, a que agora comeza, é o ensamblaxe con medios
informáticos de tódalas pezas obtidas. Para iso vanse utilizar computadoras Compaq de
64-bits, que parecen ofrece-las mellores prestacións para o traballo cos sofisticados
algoritmos matemáticos, necesarios para poner tódolos fragmentos na súa orde correcta.
Nunha cuarta fase, pecharanse os ocos deixados por secuencias insensibles a secuenciación
automatizada, cunhas técnicas de secuenciación especializadas. Coa última fase,
construirase a biblioteca xenética en colaboración co Proxecto Xenoma de Drosophila de
Berkeley. Cando tódolos pasos estean dados, publicarase a descrición de todo o proceso.
Parece que durante o proceso foron descubertos, milleiros de novos xenes que cifran
proteínas de interese, entre eles o comercial, pola súa aplicación terapéutica o como
insecticidas.
Máis información
En relación coas novas técnicas de secuenciación do ADN, científicos da Universidade de Wisconsin Madison están a desenvolver un proceso chamado "planimetría óptica", unha variante da técnica "shotgun" ou escopeta. Segundo o responsable do equipo que desenvolve esta nova técnica, o profesor David Schwartz, a planimetría óptica pode obte-la secuenciación dun ADN, nun tempo menor que as técnicas convencionais. Ademais é un proceso totalmente automatizado e precisa de cantidades moi pequenas de material. A planimetría óptica permite ter unha visión global dun ADN e non a retallos, polo que pode empregarse para comparar diferencias xenéticas entre individuos, desentraña-la orixe de enfermidades xenéticas ou examina-lo proceso de reparación do ADN. Combinando os datos da nova técnica e os obtidos con técnicas de secuenciación de alta resolución obtense unha descrición completa e inconsútil dun xenoma.
A técnica comeza coa preparación das moléculas de ADN sobra unha superficie de vidro. Normalmente, o ADN está enrolado formando unha pelota de fío, polo que é preciso endereita-la mostra do ácido nucleico. Despois cun encima vanse cortando as febras en segmentos minúsculos, producindo fitos que revelan importantes riscos da organización do xenoma. De seguida, cada segmento de ADN pode medirse e definirse cunha tecnoloxía automatizada de exploración que emprega microscopía de fluorescencia. Máis información